Las matrices de los alimentos influyen significativamente en los resultados de los análisis, los procedimientos de muestreo y métodos utilizados para el análisis dependen por lo general de la información de la matriz.
Las muestras compuestas por varios ingredientes de diferentes caracteristicas, son más dificiles de manipular, mientras que las muestras liquidas se consideran generalmente homogéneas o fáciles de homogeneizar mediante la agitación.
Un ejemplo de esto son las barras de cereales, que pueden tener una distribución desigual de alérgenos en un solo componente, ya que por lo general están compuestas por diferentes ingredientes dispersos. Por lo que deben ser homogenizadas completamente antes de tomar muestras de ensayo para el análisis.
En ocasiones ciertos tipos de análisis pueden dar falsos positivos o negativos, debido a determinados componentes presentes en la matriz que la hacen inadecuada para dichos análisis.
Ejemplo de estos componentes pueden ser los taninos o polifenoles, que pueden enmascarar la presencia de los alérgenos. En otras ocasiones los resultados pueden dar un falso positivo, debido a la presencia de compuestos muy similares a la sustancia alergénica que se está detectando.
Existen otros componentes que pueden afectar los resultados, aquellos que presentan valores altos en acides pueden dañar el ADN y evitar la detección del mismo, pudiendo existir todavia proteinas alergénicas. Dependiendo del proceso, un alto nivel de azúcar pudiera interrumpir la extracción de ADN.
El etanol en caso de estar presente, puede provocar falsos resultados negativos, debido a que ésta sustancia desnaturaliza los anticuerpos. Por lo que es muy recomendable proporcionar antes del análisis de una muestra, toda la información sobre su composición, para que el laboratorio pueda seleccionar el método adecuado para su análisis. Aunque lo ideal seria que el laboratorio recibiera del fabricante, una muestra libre de alérgenos de la matriz del alimento que contiene el alérgeno, verificada por otro método, para que el laboratorio pueda validar la preparación y detección del muestreo.
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